1、保障涵盖范围偏失
由于经济适用住房跟不上需求，且基本上只售不租，导致许多中低收入家庭买不上也买不起“限价”的经济适用住房，买得起的也只是符合购买条件中那些收入较高的家庭。而当前的住房保障制度，廉租住房一般只面对低保家庭，比重很小，在一些城市中只占到1%。因而造成很大一部分人既没有财力购买住房，又不够资格住廉租住房，成了政策“夹心层”。
2、缺乏退出机制
经济适用房主要以售为主，缺乏退出机制，这是它比较明显的缺陷。因为购买此类房屋的人，一般是经济条件有限的人，而后期很多人经济得到改善之后，因此类房屋价格较低所以不愿退出，一直占用这种政府补贴的住房，这对其他经济条件有限的人来说就不公平了。
经济适用房有什么缺点
3、位置偏僻
大部分的经济适用房都位于城乡结合部，交通不便，增加了人们的通勤时间;原来的村民和外来人员在此聚集，附近区域的治安问题比较突出;各种基础配套设施不够完善，没有大型商场，无法满足人们的日常生活需求，资质较好的医院也不会在此建设，万一家庭成员突发疾病，不能及时得到医治，距离师资力量强的学校比较远，可能会对家中的适龄儿童学业造成一定的影响。
4、质量无法保证
由于廉价房没有效益激励，一些政府往往只关心提供了多少套房子的目标考核，而很少真正为居住者考虑居住需要。建造廉价房由政府出面组织，效率低下。如果政府直接出面，违背市场经济中专业分工原则。即使间接出面，中间承接的发展商不以经济效益为考核，难以达到社会资源的优配置。
经济适用房能升值吗?
经济适用房是属于国家给予补贴的房租，所以不存在升值的问题。因为经济适用房的产权为共有产权，不属于个人的，也就是说这类房子的价格通常要低于市场上的商品房，所以没有升值的情况。如果在经济适用房满足转正后，房主要出售的话，那么需要补缴土地出让金。
经济适用房可以做抵押贷款吗?
经济适用房可以抵押贷款，但必须是取得完全产权的经适房才可以抵押贷款，没有取得完全产权的经适房，产权另外一部分在国家手上，不能办理抵押贷款，想要取得全部产权需要购买经适房满五年，并且补交差价。
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